De Hooglandse kerk herbergt twee grote orgels. De oudste hiervan is het Van Hagerbeer orgel uit 1735. Hij breide toen het oude Swart orgel aanzienlijk uit en verplaatste dit naar de toren gevel. De laatste restauratie werd uitgevoerd door Ahrend. Hij bracht het orgel na een restauratie van Duyschot naar de situatie van Van Hagerbeer en stemde het orgel in Werckmeister III stemming en bracht het naar 415 Hz.
Het tweede orgel staat vlak naast het koor en werd in 1891 door Willis. Toen werd het gebouwd voor de St Mark’s Church te Birkenhead. In 1995 kwam het instrument in het bezit van orgelzaal van Henk Kooiker, wie het als geschenk gaf aan de Hooglandse kerk.
