De Westerkerk, die wereldwijd bekendstaat door het dagboek van Anne Frank, kreeg in 1683 haar eerste orgel gebouwd door Duyschot. Dit orgel werd in 1726 uitgebreid met een bovenwerk door Vater. In de jaren die volgde hebben meerdere orgelbouwers het een en ander aangepast aan het instrument. Zo werd de klaviatuur meermaals vervangen, verving Steenkuyl meerdere registers en verwijderde Knipscheer meerdere dubbelkoren en de intonatie.Rond 1940 werd er een vierde klavier toegevoegd dat een borstwerk met zwelkas behelsde.
Tussen 1990 en 1992 heeft Flentrop het orgel gerestaureerd met als uitgangspunt de situatie van 1727. Wel werden er 3 tongwerken van na die tijd bewaard. Flentrop maakte veel nieuw pijpwerk in de stijl van Vater en Duyschot. Slechts enkele registers bevatten materiaal van deze bouwers.
