In 1643 werd in Watervliet een nieuw orgel van de hand van Boudewijn Ledon opgeleverd. Het houtsnijwerk aan de kas werd gesneden door Walram Rombout. Het orgel is in de loop der jaren veel veranderd. Zo werd het instrument in 1727 hersteld gevolgd door diverse vernieuwingen in 1743. De grootste aanpassing volgde pas in 1910 waar het instrument volledig werd geromantiseerd door firma O. Reygaert. Tijdens de tweede wereldoorlog werd het instrument flink beschadigd, waar door het niet meer functioneel was. Pas in 1969 werd er een nieuw instrument gebouwd in de bestaande kas, met als uitgangspunt de dispositie van Ledou.
